企业在被认定为国家高新技术企业后并不是就高枕无忧了，从2016年出台的新的高新技术企业认定管理办法及配套工作指引的规定可以看出，国家不但注重的是认定的结果，更加注重认定完成后的企业的管理和监督工作。具体体现在以下几个方面：
1.高新技术企业年报
企业在获得高新技术企业资格后，在其资格有效期内应每年5月底前通过“高新技术企业认定管理工作网”，报送上一年度知识产权、科技人员、研发费用、经营收入等年度发展情况报表;在同一高新技术企业资格有效期内，企业累计两年未按规定时限报送年度发展情况报表的，由认定机构取消其高新技术企业资格，在“高新技术企业认定管理工作网”上公告。
另外，根据文件规定已认定的高新技术企业，无论何种原因被取消高新技术企业资格的，当年不得再次申请高新技术企业认定。所以高新技术企业需要特别重视企业年报事宜，及时填报并查看审批结果。
2.高新技术企业统计年报
从近几年的统计局通知情况来看，北京大部分区县在每年年初都需要在统计局官网上申报统计年报，在年报报表中有研发项目表、研发费用表等跟高新技术企业相关的数据需要申报。本统计申报必须按照项目归集研发费用，对大部分高新技术企业来说，需要提前规划和整理所需的数据，以免错过申报时间等。
3.高新技术企业其他平台申报
从2017年的情况来看，涉及的申报平台有科技部火炬统计调查信息系统年报及相关区科委或管委会通知的数据申报事宜。
4.高新技术企业更名
企业如在获得高新技术企业资格后，在有效期限内发生企业名称变更的，需要在高新技术企业管理工作网上进行更名并到相关部门递交相应的更名资料。
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