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众所周知，机体经过接种疫苗来获得某种特定免疫力。但霉菌毒素会影响接种疫苗免疫力。一份埃及的研究标明，霉菌毒素中毒可能会引起接种抗禽流感病毒疫苗失效。
霉菌毒素引起的免疫抑制表现为T淋巴细胞和B淋巴细胞活性下降、抑制或危害巨噬细胞和嗜中性粒细胞的功用。霉菌毒素削减感染或免疫后的机体内抗体水平，下降了吞噬细胞的活性。
霉菌毒素对免疫系统的抑制作用最终表现为下降机体对感染性疾病的抵抗力，激活缓慢流行症的发作和下降疫苗的活性。在禽类饲料中霉菌毒素的存在会导致接种疫苗失效，
因而引起比如感染性法氏囊疾病或腺病毒的发作。
即便饲料中毒素的含量水平很低或低于其毒性表达水平，也会影响正常状况下的机体免疫功用。吐逆毒素可调理机体免疫应对水平。
现在常用的评价某种霉菌毒素在体内对免疫调理作用的办法为抗体滴定实验，即在接种惯例疫苗后，测定血清中抗鸡新城疫（非感染性疾病）病毒的抗体水平。
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