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禽呼肠孤病毒无所不在的性质，以及对环境的抵抗力强和既可垂直传播又可水平传播的特点，使得消除鸡群的感染十分困难。
在将感染鸡群清理后，鸡舍的彻底清洗消毒有利于防止以后鸡群的感染。因为1日龄雏对呼肠孤病毒易感，而至2周龄时已开始建立年龄相关抵抗力，
所以疫苗接种的目标是提供早期保护。用活疫苗或死疫苗免疫种鸡是防制本病的有效方法，不仅通过母源抗体保护1日龄仔鸡，而且对垂直传播有作用。
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